# VirtualBox 5.1.38_Ubuntu r122592 (2019)
# https://www.osboxes.org/xubuntu/ > 18.04.3 Bionic Beaver > VirtualBox (VDI) 32bit
# Downloaden, auspacken,
# in VirtualBox neue Maschine anlegen, o.A. Platte nutzen
# user: osboxes (gehört zur sudo-Gruppe)
# passwd: osboxes.org

## Xubuntu-System aktualisieren
sudo apt update
sudo apt upgrade

## Software installieren und konfigurieren
# Diese Datei hier aus dem Netz holen,
# um manuell die folgenden Kommandos in ein Terminal kopieren und so ausführen zu können
firefox http://jbusse.de/2019_ws_dsci/.bash_history_KOMMENTIERT.txt &

sudo apt install language-pack-de
sudo apt install emacs

# Ordner aus dem Host in den Guest durchreichen:
# virtualbox > Geräte > gemeinsame Ordner > gemeinsame Ordner
# > Name: mein_host_share (Name wird nur beim folgenden mount benötigt)
# > Host-Pfad: /home/jb/a (Daten-Ordner im Host, auf den wir zugreifen wollen)
# dann Host-Ordner im eigenen Home-Verzeichnis (hier z.B. unter ~/host) mounten:
sudo mkdir ~/host # ein beliebiger Name
ls host # Ordner ist leer
sudo chmod 777 ~/host
sudo mount -t vboxsf -o uid=1000,gid=1000 mein_host_share ~/host
ls host # enthält die Dateien aus dem Ordner aus dem Host!

## Miniconda installieren
# siehe https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
cd Downloads/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
cd ..
bash ./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86.sh 
ls miniconda3/
conda list

# mit Miniconda jupyter installieren
conda install jupyter
jupyter notebook --generate-config

# weitere Bibliotheken, die wir sicherlich brauchen:
conda install numpy
conda install pandas
conda install matplotlib 
conda install scikit-learn

# conda aktuell halten
conda update
conda update --all


## jupytext
# jupytext: wahlweise ipynb und md-Dateien editieren können
conda install -c conda-forge jupytext

# jupytext konfigurieren: die Konfigurations-Datei öffnen (z.B. mit mousepad):
mousepad .jupyter/jupyter_notebook_config.py &

# und dann an das Ende der Datei ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
# die folgenden 2 Zeilen anhängen:
c.NotebookApp.contents_manager_class="jupytext.TextFileContentsManager"
c.ContentsManager.default_jupytext_formats = "ipynb,md"

# test, alles ok?
tail .jupyter/jupyter_notebook_config.py


## github
# Wir holen unsere Demo-Dateien bei Bedarf tagesaktuell von github
sudo apt install git
mkdir github
cd github/

# Demo-Dateien einmalig komplett holen, incl. github init-Dateien
git clone https://github.com/hawla-dsci-lab/dsci_lab

# ab jetzt reicht ein einfaches pull:
cd dsci_lab/
git pull


## jupyter root ist das Verzeichnis, in dem das Notebook starten,
# also ggf voher ein
cd

# jupyter starten
jupyter notebook &

# Ports und Tokens listen, falls man den Firefox versehentlich geschlossen hat
jupyter notebook list

#jupyter 'runterfahren
jupyter notebook stop